En las estacion central de autobus de Praga (Florenc) y en la estacion de trenes hay unos terminales donde puedes consultar las alternativas de transporte publico para moverte dentro de la Republica Checa, a otros paises o el transporte publico de las ciudades mas importantes del pais.
Esa misma base de datos la puedes consultar en internet, te paso la direccion:
http://jizdnirady.idnes.cz/ , solo existe version en checo y en ingles. La madrugada del 30 al 31 de diciembre teneis un tren directo que tarda 8 horas de Praga a Budapest, es el Galileo Galilei.
Sale de Praga a las 0.30 del 31 de diciembre y llegais a Budapest a las 8.32 del 31 de diciembre, te paso lo que indica la web, cualquier otra combinacion u horarios los podeis consultar sin problemas desde esa web:
Prague > Budapest [*H] 30.12.2007, 22:00, departure
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Date From/Via/To Arr. Dep. Rem. Rides
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31.12. Praha hl.n.
Budapest-Keleti pu
8:32 0:30
EN 377 GALILEO GALILEI
8 hrs 2 min, 611 km
runs daily