Tratandose de hoteles y de septiembre no creo que vayas a tener muchos problemas puesto que la playa principal ofrece cantidad de alojamiento y buenas conexiones en autobus con la capital de la ciudad (La Valeta). Yo me aloje en la playa en vez de en La Valeta, donde habia más servicios.
Lo que si te aconsejo, si disponeis de tiempo, es una visita al interior, a Ramada. Un pequeño pueblo medieval, tranquilo y realmente bello.
Yo estuve en ellas. Depende, si te gustan las playas de acantilados, colores turquesas, etc, tienen unas vistas estupendas y unas playas bastante virgenes (la mayoria de la gente se concentra en Malta). También hay algunos lugares arqueologicamente interesantes (creo que era en Gozo).
Las distancias por ferry se cubren facilmente, sin mucho problema.
El interior, lo que te comente como Ramada creo que es el nombre antiguo y se la conoce por Midina. Fue lo que más me gusto de Malta junto con una visita a la Iglesia principal de La Valeta con sus historias sobre templarios y la cruz de malta por doquier.