Nosotros estuvimos por Austria en verano del 2005 y si solo tienes 12 dias creo que te lo tienes que tomar con calma, es un pais relativamente pequeño pero para profundizar y disfrutar de los diferentes lugares en profundidad yo lo veo muy justo. En nuestro caso nos dejamos por ver toda la zona Sur de Austria incluido Innsbruck y profundizar en Styria, el entorno de Gratz, etc.
Lo imprescindible que te sugiero es la Ruta Romantica entre Viena y Salzburgo recorriendo con toda la calma los pueblecitos mas caracteristicos de la ruta. Hay unos 350 km mas o menos, pero te puedes tirar perfectamente una semana para verlos como se merecen, si no te gusta tomartelo con tanta calma tus 3 o 4 dias te los puedes tirar para hacer la ruta.
El turismo de ciudad y museos tambien es a tener en cuenta y deberias dejarte caer por las 4 ciudades mas importantes: Viena, Salzburgo, Gratz e Innsbruck (esta no nos dio tiempo).Y si puede ser, desde Salzburgo intenta acercarte al lado Aleman de Baviera que esta bastante bien y te pilla cerca.
Y por supuesto la zona de lagos de Salzkammergut aunque ya veo que tienes previsto ir alli porque buscas alojamiento en Hallstatt. Ten en cuenta que en verano no podras meterte en coche en Hallstatt porque solo tienen acceso los que viven alli y en cuanto a alojamientos, no te puedo dar el nombre de ninguno, pero nada mas llegar, hay una calle estrecha que pasa por la Iglesia y el Ayuntamiento donde hay hoteles sencillos, casas particulares que alquilan habitaciones, etc muchas de ellas con vistas al lago, fachada de piedra, ventanales de madera, desde fuera tenian una pinta muy acogedora. Los precios eran sobre los 60-70 euros. Puedes buscar alojamiento en la web de Hallstatt, he visto alguna cosilla:
http://www.hallstatt.net/En coche tienes que comprarte una viñeta para poder circular segun los dias que estes en Austria, se puede comprar en las tiendas de alquiler de coche (normalmente ya la incluye) y en otros lugares. Las carreteras de montaña y tuneles suelen ser de pago y no precisamente barato. La gasolina en el 2005 estaba a un precio similar al de Barcelona.